海洋委員會為強化國內海域開發案件中鯨豚保護措施訂定「台灣鯨豚觀察員制度作業手冊」。

隨著海洋環境資源利用的需求，各國離岸工程開發及水下環境探勘活動與日俱增，海域開發如打椿、鑽井、海底爆破、地質震測及聲納等施工行為，所產生的噪音若無適當地減輕措施，將對海洋動物將造成負面的影響，輕則改變其行為模式，重則造成生理傷害甚至導致死亡。
為避免人為噪音對海洋生態衝擊，海洋哺乳類觀察員（Marine mammal observer，MMO）便是國際上減輕海洋生態衝擊經常採用的方法之一，藉由在施工現場即時監看並預警，並提供開發單位減緩措施的建議，避免海洋生物進入噪音高衝擊區。
國內近年因為再生能源政策的推動，離岸風力發電開發案件在台灣西部海域積極推動，為避免風機打樁工程噪音影響周邊的海洋生物，在環境影響評估審查過程中，開發單位均承諾採用配置觀察員，以及採取生態影響減輕措施。因台灣海域出現的海洋哺乳類動物以鯨豚為主，故以台灣鯨豚觀察員（Taiwan Cetacean Observer，TCO）稱呼，但其功能亦適用於其他海洋保育類野生動物。
為周延TCO制度，海洋委員會海洋保育署依據環境影響評估法第18條及野生動物保育法第12條之精神，制訂台灣鯨豚觀察員制度作業手冊，並列出各階段相關機關（單位）執行事項參照表，及定義本手冊使用之專用名詞，提供開發業者及環保署、海巡署、海保署等相關主管機關依循，以達保護海洋野生動物之目的。