本次修正係為強化水污染防治許可證（文件）管理，促使業者守法及維護水體環境。業者如有繞流排放、廢（污）水處理設施功能與設備不足或未維持正常操作等重大違規者，限縮其許可有效期間不得超過3年，且展延後辦理變更者，有效期間不得重新起算。另針對河川污染指數偏高的受損水體，如事業之原廢（污）水中含有與河川污染指數相關之水質項目，且有廢（污）水處理設施功能與設備不足，或繞流排放且有處理設施未正常操作等違者，限縮許可登記之廢（污）水每日最大產生量及生產或服務規模至原核准量之80%以下，並自核准之日起3年內不得變更增加，以降低河川之污染量，使污染水體有改善機會。