本局成立於77年9月19日，成立之初編制員額僅38人，分三課一室辦公，85年4月擴編為五課二室，編制員額為84人，87年4月修編分為五課四室，編制員額為84人，89年6月修編編制員額增為88人，97年1月組織修編分為八科三室。100年4月修正編制員額為91人，目前組織編制員額為89人。
●八科分別為：綜合計畫科、空氣品質科、水質保護科、廢棄物管理科、氣候變遷因應科、環境工程科、稽查科、行政科
●三室分別為：人事室、會計室、政風室
| 科室 | 業務職掌 |
| 綜合計畫科 |
綜合業務、環境影響評估、資訊管理、環保教育宣導、環保義工、公害糾紛處理、環境用藥管理、毒性化學物質管理及災害防救等事項 |
| 空氣品質科 |
空氣污染防制、噪音與振動之管制、空氣品質監測、環境噪音監測及空氣污染防制費徵收等事項、溫室氣體 |
| 水質保護科 |
水污染、海洋污染、土壤及地下水污染之防治、水質管理、飲用水管理及河川水質監測等事項、事業設立/變更環保許可審查業務窗口 |
| 廢棄物管理科 |
事業廢棄物管理、公民營廢棄物清除處理機構、環境衛生及鄉（鎮、市 ）公所清潔隊聯繫窗口、事業資源化產品推動等事項 |
| 氣候變遷因應科 |
本縣氣候變遷因應推動會、政策規劃、調適行動方案推動、溫室氣體排放管理與低碳永續家園推動及空氣污染、水污染、廢棄物、飲用水及其他環境檢驗分析等事項。
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| 環境工程科 |
環境工程、區域性垃圾、水肥、灰渣、堆肥、資源回收場、垃圾資源回收焚化廠規劃、興建、營運處理、執行機關資源回收業務及資源回收業之稽核登記，各鄉鎮市公所垃圾處理場（廠）之管理監督暨廢棄物清除、處理費徵收及規劃等事項 |
| 稽查科 |
公害稽查、取締及陳情案件處理等事項 |
| 行政科 |
文書、印信、研考、法制、催繳、採購、財產管理及事務管理等事項 |
| 人事室 |
人事管理事項 |
| 會計室 |
歲計、會計、統計事項 |
| 政風室 |
政風事項 |